Για την λειτουργία του ΠΜΣ «Ιστορική Έρευνα Διδακτική & Νέες Τεχνολογίες αρμόδια όργανα είναι τα εξής:

1. Η Σύγκλητος του Ιονίου Πανεπιστημίου
2. O Διευθυντής του Π.Μ.Σ. προέρχεται από τα μέλη Δ.Ε.Π. του τμήματος κατά προτεραιότητα βαθμίδας Καθηγητή ή Αναπληρωτή Καθηγητή για διετή θητεία με δυνατότητα ανανέωσης χωρίς περιορισμό.
3. Η Επιτροπή προγράμματος σπουδών αποτελείται από μέλη Δ.Ε.Π. των τμημάτων Ιστορίας και Πληροφορικής και συγκροτείται με απόφαση της Συγκλήτου.

Τα μέλη οργάνων διοίκησης του ΠΜΣ είναι:

Διευθυντής ΠΜΣ: Κωνσταντίνος Αγγελάκος, Καθηγητής

Αν. Διευθυντής ΠΜΣ: Νίκος Καραπιδάκης, Καθηγητής

Επιτροπή Προγράμματος Σπουδών:

• Κωνσταντίνος Αγγελάκος, Καθηγητής
• Νίκος Καραπιδάκης, Καθηγητής
• Διονύσης Τζάκης, Μον. Επίκουρος Καθηγτής
• Παναγιώτης Βλάμος, Καθηγητής Τμ. Πληροφορικής
• Ιωάννης Καρύδης, Επίκουρος Καθ. Τμ. Πληροφορικής
• Νίκος Κοκομέλης, Επίκουρος Καθ. Τμ. Ιστορίας (αναπληρωματικό μέλος)