Στα πλαίσια του Τμήματος Ιστορίας, λειτουργούν τα εξής εργαστήρια: 

«Εργαστήριο Μελέτης του Αρχαίου Κόσμου»
«Εργαστήριο Ιστορικής Τεκμηρίωσης και Έρευνας Μεσογειακού Κόσμου»
«Εργαστήριο Τεκμηρίωσης Σύγχρονης Ιστορίας»
«Εργαστήριο Εκπαιδευτικής Καινοτομίας»

Σκοποί των εργαστηρίων
Τα εργαστήρια αποσκοπούν στην ανάπτυξη της επιστημονικής έρευνας και την παραγωγή γνώσης στο γνωστικό τους πεδίο. Στηρίζονται στη βασική αρχή της αλληλεξάρτησης έρευνας- εκπαίδευσης και προσανατολίζονται στην υποστήριξη του προγράμματος προπτυχιακών και μεταπτυχιακών σπουδών του Τμήματος Ιστορίας.
Πιο συγκεκριμένα:

• Η παραγωγή εκπαιδευτικού, εποπτικού και βοηθητικού υλικού για τη στήριξη και προαγωγή της έρευνας, διδασκαλίας και επιστημονικής ενημέρωσης.
• Η οργάνωση δραστηριοτήτων και εκδηλώσεων για τη διευκόλυνση της σύνδεσης της διδασκαλίας με την επιστημονική έρευνα.
• Η διεξαγωγή ερευνητικών προγραμμάτων, σεμιναρίων και μελετών.
• Η συνεργασία με ερευνητικά κέντρα, ιδρύματα και πανεπιστήμια στην Ελλάδα και το εξωτερικό.
• Η ανάληψη των πρωτοβουλιών για τη διευκόλυνση της σύνδεσης του Ιονίου Πανεπιστημίου με την τοπική κοινωνία.